Czas najwyższy opisać swoje praktyki wakacyjne w Laboratorium Bioinformatyki Strukturalnej. Zacząłem od nauki parsowania plików Protein Data Bank (.pdb) i wypisywania wydobytych informacji na ekran lub do osobnego pliku. Można to zrobić w bardzo prosty sposób dzięki modułom zawartym w BioPythonie:
from Bio.PDB import PDBParser ...
W najbliższym czasie opiszę szerzej praktyki na Wydziale Biologii dokumentując swoje niekoniecznie odkrywcze dzieło 
. W planie również utworzenie obok strony od podstaw tworzonej w django i bliżej o moich potyczkach z pythonem. Czekam na decyzję hostingu o udostępnieniu pythona na serwerach. Tymczasem śnieg za oknem nastraja do wypicia barszczu w wełnianych skarpetach na nogach. Oby na zdrowie!
W ramach tegorocznych praktyk na Wydziale Biologii zmierzę się z prostym projektem.
po wpisaniu id w wyszukiwarce mamy do wyboru ściągnięcie struktury w różnych formatach
W początkowej fazie projektu napisany kod ściąga ze strony plik ze strukturą białka w specjalnym formacie i dokonuje prostych wypisań na ekranie. Co będzie dalej? – tajemnica
Tymczasem przedstawię krótko niewymaganą część projektu, która ma za zadanie ściągać plik z serwera i zmienić jego nazwę. PDB od Protein Data Bank to rozszerzenie pliku zawierającego strukturę białka zapisaną w formie tekstowej. Dokładniej o PDB napiszę w serwisie bioinformatyk.eu. Tymczasem , mimo że strona internetowa projektu w prosty sposób pozwala ściągnąć plik .pdb z interesującą dla nas strukturą, chciałem to w projekcie zautomatyzować. W obu przypadkach musimy oczywiście znać identyfikator danego białka.
Swój kurs postanowiłem oprzeć na pozycji dostępnej w wielu polskich księgarniach – „Python. Wprowadzenie” opartej na wersji Pythona 2.5. Książka z tłumaczonych na język polski jest moim zdaniem do tego najlepsza jednak dla programistów może być nieco nudnawa. Polecam głównie dla początkujących – nie znających żadnego języka programowania, ale… mających obycie z komputerem .
Po konfiguracji zmiennej środowiskowej PATH zaczynamy. Początek wydaje się łatwy dla kogoś kto miał styczność z programowaniem. Natrafiłem jednak na jeden problem. O czym nie wspominałem to fakt, że chciałbym (i będę się tego trzymał) cały kurs przejść korzystając z systemu Windows 7. Pierwszy problem dotyczy polskich znaków w wierszu poleceń. Niestety poszukiwanie odpowiedzi w Internecie nic nie dało. W IDLE znaki wyświetlają się normalnie, podobnie po przekierowaniu strumienia na plik .txt . Mój system jest spolszczoną wersją angielską – może dlatego. Aby niepotrzebnie nie marnować czasu chwilowo pominę ten problem a rozwiązania poszuka się później.
Nowa strona się buduje, małymi krokami… w żółwim tempie.
Celem stworzenia tego miejsca jest podzielenie się amatorską fotografią, trochę życiem, podróżami a także doświadczeniami w uczeniu się od podstaw programowania w języku python – niezbędnym dla bioinformatyka.
Kiedy start? Mam nadzieję, że już niedługo. Choć sam cierpliwości nie mam to aby dostrzec tu coś nowego trzeba by się w nią uzbroić.